Não tenho 100% de certeza da solução, mas tenho quase certeza de que você pode executar um servidor LDAP e autenticar o apache através do uso de mod_ldap. Você pode querer escopo deste artigo para ver se é o que você quer:
De lá, você deve ser capaz de criar grupos de usuários no ldap e configurar o apache para refletir o acesso de grupos para diferentes pastas.
Aviso justo: nunca fiz isso antes, então talvez não seja o que você quer.
Além disso, parece que o apache agora tem seu próprio projeto de servidor de diretório, eu só usei o Fedora-DS agora 389-DS, deve ser bem parecido: