Problema resolvido! Devido a um problema com os sites de indexação do rastreador com Autenticação Básica e Autenticação Anônima no Server 2008 R2 (consulte o Blog do Mike Hacker) . Eu desenvolvi uma solução alternativa estendendo o Extend the Web Application e crie um segundo no link com a autenticação NTLM ativada.
Acontece que isso estava interferindo na pesquisa porque esse não era o padrão nos Mapeamentos de acesso alternativo para que os escopos de pesquisa não estivessem funcionando.
Em Administração Central > Editar URLs de zonas públicas Eu configurei os URLs da seguinte forma e funciona: