Eu tive o mesmo problema usando o FTP para IIS com o FileZilla e outros clientes. A causa raiz ainda é um mistério para mim. No entanto, se você gerenciar o servidor, uma solução alternativa é desautorizar o comando FEAT.
Para o IIS 7.5: Gerenciador do IIS - > Filtragem de solicitações de FTP - > Negar Comando
Não posso aconselhar sobre versões anteriores do IIS.
O servidor responderá ao FEAT com "500 'FEAT': comando não permitido". FileZilla lida com isso graciosamente e prossegue para completar a conexão.