Eu uso o ovftool o tempo todo e nunca notei esse tipo de problema, mas notei lentidão extrema e falha ocasional quando estou implantando ou puxando de uma rede lenta. Como é a situação da rede entre o sistema em que você está executando a ferramenta e o host? A outra diferença é que eu uso o ovftool de um host linux e não de uma máquina windows, é algo que você pode tentar comparar a diferença?
Algumas outras coisas que você pode verificar: Quando o ovftool está suspenso, ele ainda tem uma conexão de rede aberta? Está usando muita RAM ou CPU?
EDIT: Qual versão do ovftool é? Qual versão do Windows você está usando? É uma conexão direta ou há roteadores / firewalls entre você e o servidor ESXi? Qual versão do ESXi é?
EDIT: Eu já fui afetado por este problema. ESX 4.0, ovftool 1.0.0, nunca vi isso antes. Sim, é chato.