O PerfectDisk mencionado pode fazer isso, na verdade. Você só precisa saber que deve selecionar Tempo de inicialização na tela principal, que executará uma desfragmentação offline ou uma desfragmentação na próxima inicialização (dependendo se este é o disco do sistema operacional atual). / p>
Veja também esta pergunta relacionada feita por mim , e isso pequeno blog que eu escrevi, contendo mais detalhes sobre como tudo isso vem junto.