Se o conteúdo enviado estiver todo em um diretório, posso ver duas maneiras.
- Tornar o diretório enviado um link simbólico é o controle de versão. Esse link simbólico deve apontar para o diretório de destino dos envios reais.
- Configure um Alias na configuração do seu website para apontar para o diretório real que está fora da raiz da web normal.
O primeiro método não requer mudanças reais de código, enquanto o segundo método parece um pouco mais limpo para mim.