A melhor solução que encontramos é sempre instalar o binário com uma string de versão no final do nome e manter um link simbólico sempre apontando para a versão mais recente.
/mnt/foo/bar -> bar-20111201000000
/mnt/foo/bar-20111201000000
/mnt/foo/bar-20111115000000
Quando você instala a nova versão, você move atomicamente um novo link simbólico sobre o antigo.
Quando você executa o binário do NFS, seu processo mapeia o nome binário com versão, que novas instalações não irão perturbar. Ele também tem esse recurso de bônus puro, no qual você pode executar o ps e ver imediatamente qual versão do binário está sendo executada.