Eu apenas tentei no Xubuntu 16.04.
Tudo o que fiz foi executar
./start-tor-browser.desktop --register-app
E funcionou como um encanto. Aparece no menu Whisker.
Se você for para ~/.local/share/applications
e abrir o Navegador Tor com o Mousepad ou qualquer outro editor de texto, certifique-se de que o Exec seja semelhante a este
Exec=sh -c '"/home/caligaris/Downloads/tor-browser_en-US/Browser/start-tor-browser" --detach || ([ ! -x "/home/caligaris/Downloads/tor-browser_en-US/Browser/start-tor-browser" ] && "$(dirname "$*")"/Browser/start-tor-browser --detach)' dummy %k