A menos que você tenha executado o svnadmin upgrade em cada repositório , atualizando os binários para o Subversion apenas ajuda com funções relacionadas ao Apache e certas operações do Subversion que não precisam que o repositório funcione.
Para ver se os repositórios foram atualizados, o link no comentário acima, de Andy Smith, ajudará nisso. Basicamente, você está procurando o arquivo de formato e você deve ver o número 4 lá desde que você está usando 1.6.x.
Agora, palavra de conselho. Às vezes, todas as coisas boas, no que diz respeito a melhorias no repositório, não podem ser realizadas com o comando svnadmin upgrade . Se você tiver tempo e habilidade para fazer isso, um svnadmin dump seguido por um svnadmin load é a melhor maneira de Certifique-se de obter todos os novos recursos e aprimoramentos em um repositório após atualizar os binários do Subversion. Isto é especialmente verdadeiro desde que você vai do 1.4.x para o 1.6.x já que coisas boas como sharding foram introduzidas e não puderam ser implementadas através do svnadmin upgrade .