Você provavelmente já encontrou isso, mas a descrição do problema está bem descrita aqui:
Esse é o "porquê" disso. Como dizem, a única maneira de reduzir o tamanho desse diretório é remover os níveis do histórico de desfazer do Windows Update e do Service Pack. Como fazer isso é descrito em um post posterior:
Que abrange apenas o Server 2008. O R2 ainda não tem um service-pack, portanto, não há uma ferramenta lançada para ele.