Isso é feito no Ubuntu 16.04 por design.
Se você clicar em uma partição diferente de /
no Nautilus, ela será aberta em uma nova janela com um novo ícone do Iniciador.
É realmente irritante em alguns casos. Uma solução alternativa é criar links simbólicos para pontos de montagem de partições em seu diretório inicial e clicar neles, em vez de clicar diretamente em partições.
Você também pode adicionar esses links simbólicos como seus Favoritos no Nautilus.
Outra questão é quando você atualiza de 14.04 para 16.04. Pode ser corrigido removendo o ícone do Launcher e adicionando-o novamente.