Usando o que você tem, você pode usar o xcopy ou o robocopy (não me lembro apenas de um ou de outro, ou se ambos funcionam) em uma tarefa agendada para copiar apenas as diferenças.
Como alternativa, você pode configurar um local do DFS (ou qualquer local de rede mapeado, na verdade; unidade mapeada, etc) para hospedar os arquivos compartilhados e apontar o IIS para o novo local da pasta.