Eu principalmente executo php em máquinas * nix, então não tenho certeza sobre isso.
Normalmente, os scripts php são executados pelo servidor web quando alguém solicita uma página com algum php nele.
Em sua configuração do Server 2008, sua ação padrão para .php pode ser definida para outra ação (por exemplo, 'abrir arquivo no editor') em vez de 'executar script usando o php.exe'
Você precisa chamar o interpretador php e usar seu script como um parâmetro de linha de comando.
Algo como
php.exe d:\InetPub\tools\something\build.php
Você também pode conseguir o mesmo efeito associando arquivos .php ao programa correto