Sim, será.
- escolha "substituir janelas" no instalador e - qualquer coisa relacionada ao Windows será excluída.
Se você precisar de uma partição que permaneça como é, use uma ferramenta no Windows (gparted) para reduzir uma partição e escolha a opção "alguma outra coisa" no instalador e use o espaço não alocado para instalar o Ubuntu.
Mas ... você começa fazendo um backup.