Depois de colocar a "correção" que mencionei no meu comentário acima no lugar, eu não tenho mais esse problema. Atualizar o MySQL seria muito complicado para esse problema, então desabilitar o script durante o backup é a melhor solução para mim no momento.
Eles dizem que falar consigo mesmo é o primeiro sinal de loucura, não é um bom presságio para mim: (