Conda / apt-get & issues instalando ferramenta gráfica

Question

Estou um pouco confuso sobre os diferentes gerenciadores de pacotes em python / Ubuntu. Eu recentemente migrei para o Ubuntu a partir do windows, no qual usei o anaconda como meu gerenciador de pacotes python.

Instalei o anaconda na minha nova configuração do Ubuntu. Eu quero usar o graph-tool , então eu segui as instruções na página, e instalei os pacotes pré-compilados usando o apt -get, que felizmente (espero?) instalou todas as dependências.

O pacote parece estar instalado no sistema Ubuntu ( apt search graph-tool indica como instalado) enquanto ele não aparece na lista de pacotes conda ( conda list ).

Eu também tentei baixar este pacote de anaconda.org , mas ele não instalou todas as dependências e a instalação falhou:

$ conda install -c floriangeigl -c vgauthier -c msarahan -c bioconda -c ostrokach -c salford_systems -c ptorrestr -c pkgw -c kalefranz graph-tool
Traceback (most recent call last):
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/exceptions.py", line 479, in conda_exception_handler
    return_value = func(*args, **kwargs)
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main.py", line 145, in _main
    exit_code = args.func(args, p)
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main_install.py", line 80, in execute
    install(args, parser, 'install')
  File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/install.py", line 420, in install
    raise CondaRuntimeError('RuntimeError: %s' % e)
CondaRuntimeError: Runtime error: RuntimeError: Runtime error: HTTPError: 404 Client Error: NOT FOUND for url: https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2: https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2

Meu entendimento é que o pacote graph-tool está instalado no Ubuntu, mas não "exposto" ao conda (estou correto?). Como faço para expor / adicioná-lo ao conda (e todas as suas dependências)? Em geral, qual é a relação entre pacotes expostos via apt-get e conda? Como devo integrar os pacotes instalados via apt-get in conda?

Por favor, você pode explicar as relações entre os diferentes gerenciadores de pacotes (devo usar o anaconda?)

    

Answer 1

Em geral, deve haver pouca ou nenhuma interação entre pacotes instalados e apt-installed. Pelo menos essa é a intenção, embora haja muitas maneiras de você se meter em encrencas.

Eu não estou familiarizado com a ferramenta gráfica, exceto por apenas olhar para o site. Tem bastante a lista de dependências. Eu também procurei no anaconda.org, e encontrei o feitiço de instalação conda com todos esses canais - o que causou problemas. (Um desses canais é meu.)

Um conselho é estar atento ao que você está realmente interagindo com PATH . A execução de echo $PATH mostrará o conteúdo dessa variável de ambiente e os diretórios junto com sua ordem são fundamentais. Para ajudá-lo a descobrir o que está sendo reconhecido como um executável, use which -a . Por exemplo, which -a python .

Com todas essas dependências, não me surpreende que você esteja tendo problemas. Meu segundo conselho é tentar usar um conda env. Um conda env ajudará a isolar todas as suas dependências.

Experimente o comando

conda create --name graphtool -c floriangeigl -c vgauthier -c msarahan -c bioconda -c ostrokach -c salford_systems -c ptorrestr -c pkgw -c kalefranz graph-tool

onde o --name graphtool cria um novo env chamado graphtool. Então corra

source activate graphtool

para ativar o env. A partir daí, você deve ser capaz de executar (na mesma sessão de terminal) qualquer comando da ferramenta gráfica que precisar.

Agora, ao rastreamento de pilha que você obteve quando tentou o comando conda install ...

Parece que há um problema com o anaconda.org e o pacote libgcc-5 no canal ostrokach. O rastreamento de pilha indica que você recebeu um erro 404 NOT FOUND para o URL

https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2

que anaconda.org indicado existia no link . Se esse erro específico persistir, registre um problema (talvez até mesmo faça referência a esse segmento) no link .