Pulando em uma pergunta antiga aqui, mas para a posteridade / pesquisadores: um método comum aqui é apenas para link simbólico /home/me/app to /var/www/myapp . SSH e execute um rápido
ln -s /home/me/app /var/www/myapp
Não é uma configuração do apache, mas é limpa e faz o que você quer. Isto está assumindo, é claro, que você tem /var/www/ configurado como seu webroot, o que parece estar implícito.