Eu nunca mudei a letra da unidade da partição primária. Mas você pode tentar.
Right Click on My Computer
Select "Manage"
Select "Disk Management"
Right click on the drive you want to change the letter on
Select "Change Drive Letter and Path"
Follow the dialog
Sei que isso funcionará para você, partição estendida e CDROM, mas não tenho muita certeza sobre seu primário. Pode quebrar alguma coisa.
Eu também gostaria de adicionar: você deve verificar se o seu arquivo de respostas (em sua instalação autônoma) está configurado corretamente. Enquanto o método acima funciona. Toda a idéia de uma instalação autônoma é ... para cuidar de outra coisa.
Esfregue o chão, mas não se esqueça de consertar o cano com vazamento.