Isso soa como um problema de controle de acesso do usuário.
Com o UAC ativado, você não é um membro do grupo Administradores, mesmo que você faça logon como administrador local. Você só "pertence" a esse grupo quando "executar como administrador". Então, se você iniciar o bloco de notas "como administrador", poderá editar os arquivos sem problemas. Portanto, a resposta é desativar o UAC ou conceder à sua conta de usuário permissões explícitas para Modificar o arquivo. Sim, é muito chato.
Isso corrige o problema de você editar os arquivos de configuração, mas parece que você deseja que o aplicativo também edite arquivos. Isso parece um pouco perigoso, mas provavelmente aceitável se você estiver controlando quem tem acesso ao aplicativo.
A melhor abordagem é colocar o aplicativo da Web em seu próprio pool de aplicativos e não no pool de aplicativos padrão. Em seguida, defina a identidade no pool de aplicativos para uma conta de usuário específica, não para a conta de serviço de rede padrão. Em seguida, conceda a essa conta as permissões necessárias nos arquivos e / ou pastas específicos.