Você pode fazer isso no momento em que inicia o contêiner:
lxc init <image> <name> -s <pool>
Eu já criei contêineres em outro pool, você precisa pará-los, publicar como imagens, excluir contêineres originais e iniciá-los em um novo pool de armazenamento:
lcx stop c1
lxc lxc publish -f c1 --alias c1
lxc delete c1
lxc init c1 c1 -s <new pool>
lxc start c1
lxc image delete c1