Você pode coletar as informações usando o comando STSADM -o enumusers. Ele produzirá XML com uma lista de usuários (ou grupos de AD) associados a sites do SharePoint. Infelizmente você tem que fazer isso para cada site, então pode levar algum tempo para montar o script para executá-lo.
Nós analisamos uma ferramenta do Quest para gerenciar permissões de segurança em nossos sites. Uma das características que tinha era criar uma boa lista de todos os usuários. Pode já ter a funcionalidade que você precisa.