Encontrei a solução neste link nos fóruns do iis
Você pode colocar a configuração nas tags de localização em applicationhost.config em vez de no arquivo web.config - fazendo algo parecido com isto na linha de comando:
% windir% \ system32 \ inetsrv \ appcmd.exe config config "MySite1" -section: system.webServer / defaultDocument - + arquivos. [value = 'newdoc.aspx'] -commitpath: apphost
- MySite1 é o nome amigável do site no IIS (o nome do site que você vê na árvore à esquerda)
- newdoc.aspx é o nome do seu documento padrão para esse site (você pode especificar uma querystring)
Assim, para o exemplo que postei acima, executei este comando para cada um dos meus sites
% windir% \ system32 \ inetsrv \ appcmd.exe defina config "MySite1 - www.site1.com" -section: system.webServer / defaultDocument - + arquivos. [value = 'Connect.asp? CompanyID = 425'] -commitpath: apphost
e
% windir% \ system32 \ inetsrv \ appcmd.exe defina config "MySite2 - www.site2.com" -section: system.webServer / defaultDocument - + arquivos. [value = 'Connect.asp? CompanyID = 426'] -commitpath: apphost
Quando você for para o programa de documento padrão para os dois sites no programa de gerenciamento do IIS7, verá os diferentes documentos padrão definidos para os dois sites.