Você deve ler sobre crash consistente versus aplicativo consistente instantâneos.
Os instantâneos do EBS são consistentes com falhas. O volume pode ficar inconsistente se a instância do EC2 estiver gravando no volume, mas, em geral, os instantâneos geralmente serão consistentes e, normalmente, você poderá restaurar o volume / banco de dados a partir de um instantâneo sem problemas. No entanto, "normalmente" é algo que você precisa testar e validar com base em suas necessidades - se esse for um banco de dados crítico que muda com frequência, você precisará ser mais cuidadoso.
Minha abordagem é executar o mysqldump diariamente usando uma tarefa cron, que eu faço backup no S3 usando a mesma tarefa cron e também é capturada como parte de meus snapshots. Isso me dá confiança de que posso restaurar meu banco de dados, mesmo se o instantâneo do EBS não for 100% consistente.
Instale o mysql de acordo com o normal, existem centenas de tutoriais e muita documentação sobre isso, e isso depende do seu SO. Eu tenho mysql em um t2.nano junto com Nginx / PHP, com o esquema de desempenho do MySQL desativado funciona bem, dada a carga baixa do servidor. Eu tenho 512MB de swap além dos 512MB de RAM, apenas um pouco dessa troca é usada.