1) Faça backup dos seus dados (backups adequados, como a Veeam, garantem a integridade dos dados através de checksums)
2) Instale o Windows e configure Espaços de Armazenamento
3) Restaure seu conteúdo de backup
P.S. O que você faz é um grande erro IMHO. Você pode não gostar do mdadm, mas eu sugeriria o FreeBSD + ZFS em vez do Windows + SS + NTFS.