Do que você disse, parece que o VirtualBox está aberto.
Às vezes, especialmente em laptops, você pode ter uma tela "fantasma" - quando o Ubuntu acha que há uma tela conectada à saída HDMI (ou equivalente) quando não há nada lá.
O Ubuntu ainda pode tentar exibir aplicativos nesta tela fantasma. Tente desativar a tela externa para evitar esse problema. Quando você desativá-lo, todos os aplicativos nessa tela devem se mover para a única tela conectada - a tela real.