A versão baixada tem um número de .desktop arquivos em .../scilab-5.5.2/share/applications
No entanto, esses arquivos .desktop supõem que o aplicativo esteja em $PATH , pois os comandos nos arquivos não incluem um caminho absoluto para os binários.
Há também uma instrução sobre quais comandos devem ser executados quando, em .../scilab-5.5.2/share/applications .
No entanto, eu pouparia tempo e instalaria scilab simplesmente dos repos (não do arquivo baixado) pelo comando:
sudo apt-get install scilab
A versão do repositório parece estar bastante atualizada!
Nota
caso você tenha salvo um ou mais scilab "feitos em casa" .desktop arquivos em ~/.local/share/applications , lembre-se de removê-los, pois eles anularão os globais, instalados a partir de apt-get