Normalmente, o Dovecot é muito bom em reconhecer caixas de correio quebradas e corrige o problema sozinho. De qualquer forma, doveadm force-resync
pode ser usado para reindexar neste caso.
De qualquer forma, você deve usar doveadm import
para copiar esses e-mails de volta para o Dovecot, em vez de brincar diretamente com Pastas de caixa de correio do Dovecot, mesmo se estiver usando MailDir: ele impedirá índices errados desde o início.