Pelo que entendi, o problema é que você tem dois inquilinos do Azure AD, um gerenciando sua assinatura do AZURE e gerenciando sua assinatura do O365. é correto que um domínio personalizado só possa ser registrado em um único locatário do Azure AD.
A solução é adicionar o inquilino do Azure AD do365 à sua assinatura do Azure e torná-lo o diretório de gerenciamento. este link link
mostrará como fazer com que seu diretório O365 apareça no azure e como torná-lo o diretório de gerenciamento para sua assinatura do Azure.
assim que isso for feito, os mesmos conjuntos de usuários e grupos estarão disponíveis no office 365 e no azure, e você poderá processar o mesmo domínio personalizado em cada um deles.