Sua única opção é restaurar um backup anterior.
O reparo do MySQL não faz backup de nenhum dado, na verdade, o manual recomenda que você crie um backup antes de executar o reparo.
Caution Make a backup of a table before performing a table repair operation; under some circumstances the operation might cause data loss. Possible causes include but are not limited to file system errors. See Chapter 8, Backup and Recovery.
Você pode restaurar o backup e executar a partir do backup ou restaurar o backup ao lado da tabela reparada e compara os dados manualmente .