Resposta:
Até o momento (2016-07), o WAS 9.0 não é suportado pelo Rational Application Developer 9.5.
Em vez disso, faça o download e instale o Eclipse Neon e, em seguida, instale nele o "WebSphere Developer Tools para Eclipse Neon" de: link
Procedimento:
Descompacte o último na pasta "WAS9plugin" (meu arquivo se chama libertytools-update-site_16.0.0.2.v20160602_2252.zip) e no Eclipse Neon do menu > Instalar novo software > Adicionar > Local > procure e selecione a pasta "WAS9plugin" > Botão OK > no diálogo Software Disponível, verifique o item que aparece chamado "WebSphere Application Server Liberty Tools para Eclipse 16.0.0.2" > clique em Concluir.
Uma vez instalado e o Eclipse reinicializado, menu Ajuda > Instalar o software WebSphere > vá até o final da lista > selecione Instalar "Ferramentas do WebSphere Application Server V9.0" > Terminar botão.
Em seguida, você poderá adicionar a visualização Servidores ao ambiente de trabalho do Eclipse e, em seguida, clicar com o botão direito do mouse em Servidores > selecione Novo > WebSphere Application Server 9.0