Usando set server proxy-name/server-name health down
antes de colocar o servidor em serviço novamente, com enable server ...
aparece para fazer o que você precisa.
O servidor acabaria sendo retirado de serviço por verificações de integridade subseqüentes, mas isso não ajudaria se o servidor estivesse saudável quando você o retirasse, mas não seria saudável quando você o trouxesse de volta, já que o HAProxy parece assumir que o servidor estará no mesmo estado de funcionamento quando ativado quando estava desativado.