Em geral, é muito difícil controlar se um pacote é dividido ou não. Você precisaria se aprofundar na pilha, na verdade - coisas como descarregar TCP em hardware também podem atrapalhar e criar pacotes otimizados para transporte.
Mas você está falando de uma conexão TCP - portanto, não haverá nenhum problema se a sua conexão tiver uma pequena interrupção. Se um único pacote TCP for dividido em vários pacotes Ethernet e sua conexão cair (por um breve momento) entre a transmissão de um único quadro, o TCP tentará transmitir o pacote (que é parte do protocolo).
Tendo uma desconexão mais longa / detectada, um problema muito maior será o fato de que você não pode continuar enviando sem restabelecer uma nova conexão (o que precisaria do seu dispositivo para suportar isso) - configurando um novo soquete e enviando para o mesmo host remoto sem TCP syn / ack é propably não suportado por qualquer pilha padrão.
Em relação ao seu objetivo desejado (se possível), eu recomendaria ter uma maneira apropriada de lidar com as interrupções durante a atualização do firmware (como dual boot).
Se isso não for possível e você não estiver implementando sua própria pilha TCP / IP, apenas recomendo desabilitar qualquer aceleção de hardware em seu servidor (para evitar que o hardware remonte seus pacotes) e desabilite alogoritmo do nagle na sua conexão de soquete.