Acho que usar o "Modo de manutenção" é a escolha certa para você. Qualquer servidor no SCOM pode ser alternado para o modo de manutenção por um período de tempo específico e suspenderá todos os fluxos de trabalho de monitoramento nesse servidor para esse período. Aqui está um link para gerenciá-lo no SCOM: link
Se o backup fizer parte do fluxo de trabalho automatizado, convém transformar essas máquinas em modo de manutenção com o comando PS. Veja mais detalhes sobre o PS que o cmdlet: link
Espero que ajude.
Obrigado Romano.