Depois de ver o post curioso, decidi fazer uma pequena pesquisa. Parece que em qualquer sistema de janelas (por exemplo, X windows, etc) você tem um espaço comum que contém o conteúdo da área de transferência. Como tal, está disponível para qualquer programa que possa extrair da área de transferência. Como tal, eu esperaria que a área de transferência fosse tão insegura quanto qualquer outro dispositivo de entrada, com a ressalva de que ela será pior do que, digamos, um teclado. Por exemplo, suponha que o Malware foi instalado no seu computador e que pode ler as teclas pressionadas. Qualquer coisa que você digitar seria insegura. Não vejo razão para que algum outro malware não possa acessar a área de transferência periodicamente para verificar o conteúdo. Enquanto isso seria uma maneira decididamente menos eficiente de passar sua senha, ela poderia chegar aos seus bits e bytes.
Eu não sou especialista nessas coisas, então eu agradeço a melhor resposta de qualquer outra pessoa. Apenas sobre tudo o que eu disse acima é bastante especulativo.