O bloco location ~* \.(js|css|png|jpg|jpeg|gif|ico|woff)$ tem precedência para qualquer URI que termine com .css , o que significa que nginx tenta usar o valor errado para root .
Use o modificador ^~ no prefixo location para torná-lo precedente sobre qualquer local regex.
Por exemplo:
location ^~ /munin/static/ {
...
}
Isso pressupõe que o local não tenha nenhum conteúdo especial, como .php files.
Veja este documento para detalhes.