Eu tive um problema relativamente semelhante.
PRIMEIRO: Certifique-se de que nas configurações do LightDM, você tenha marcado "Papel de parede do usuário, se disponível"
Então, SEGUNDO: No meu caso, acho que o problema é que eu tinha criptografado minha pasta pessoal (na qual eu tinha armazenado o papel de parede personalizado que eu queria usar como papel de parede e o papel de parede da tela de login.
Obviamente, o problema com essa configuração era que a pasta pessoal (e, portanto, o papel de parede a ser usado) era criptografada e não podia ser acessada pelo sistema.
A solução alternativa (para mim) era abrir um gerenciador de arquivos como root e copiar o papel de parede para a pasta onde os papéis de parede do sistema padrão são armazenados (para o Xubuntu 16.04, é / usr / share / xfce4 / backdrops /).
Espero que isso ajude a solucionar seu problema também!