Você não pode usar o Route53 em conjunto com o CloudFlare (a menos que você faça uma configuração CNAME do CloudFlare); em vez disso, você precisa apontar seu nome de domínio para os servidores de nomes oficiais da CloudFlare .
Adicionar registros NS não é suficiente, os registros de servidores de nomes autorizados do nome de domínio devem ser movidos para o CloudFlare na íntegra.