Se você usar o perfil obrigatório nesse servidor, a diferença entre HKEY_USERS e os números de perfil no disco poderá ser explicada.
O que é um perfil obrigatório? Esta é uma citação de msdn
A mandatory user profile is a special type of pre-configured roaming user profile that administrators can use to specify settings for users. With mandatory user profiles, a user can modify his or her desktop, but the changes are not saved when the user logs off. The next time the user logs on, the mandatory user profile created by the administrator is downloaded. There are two types of mandatory profiles: normal mandatory profiles and super-mandatory profiles.
Veja lá um simples link que explica como a obrigatoriedade é feita;