Nunca tive problemas ao remover a pasta.
No Windows 7+ ou em 2008+, o histórico de atualizações é removido quando você verifica o applet de atualização do Windows, mas as atualizações do programa add / remove ainda são listadas.
A procura por atualização fica mais lenta depois que a pasta é removida, mas funciona.
Se você excluir essa pasta para economizar espaço, sugiro strongmente fazer antes de dism / online / cleanup-image / spsuperseded. Isso liberaria sua pasta WinSXS.
Por se tornar grande, depende largamente de qual produto e atualizá-lo antes da instalação. Como se você dissesse sim para atualizar os produtos da microsoft, o catálogo se tornaria maior