Se você usasse a mesma chave para ambos, teria que deixá-los em uma partição não criptografada (initramfs como você descreve) e isso não é o que você deseja, já que as chaves privadas são dados confidenciais.
Eu preferiria propor que você executasse dropbear em porta diferente do padrão 22. você pode colocar em seu arquivo de hosts conhecidos também o número da porta (no formato [hostname]:port key-type key
) para evitar os avisos de impressão digital.