Acho que seria melhor reinstalar / reparar a instalação do Exchange se todos os seus sites estiverem em falta.
Se você está perdendo apenas alguns dos virtualDirectorys, você pode reconstruí-los e comprar o seguinte comando no Exhcange Management Shell.
New-ActiveSyncVirtualDirectory -WebSiteName "Site padrão" -ExternalURL " link Server-ActiveSync "
O mesmo vale para os outros diretórios virtuais como OWA, ECP
New-OWAVirtualDirectory
New-ECPVirtualDirectory