1) Sim, principalmente quando o apache lida com clientes HTTP lentos: o apache é projetado de uma forma quando seu filho bloqueia até que ele atenda um cliente, portanto, é incapaz de servir aos outros. Portanto, se você tiver muitos clientes, as crianças do apache empilharão, consumindo memória / CPU e provavelmente atingindo o limite de crianças, tornando essa situação DoS.
1a) não vejo nenhum.
1b) Sim, o módulo php é muito mais rápido por design. Mas essa velocidade só é visível em matemática, não em operações de arquivos. Então eu recomendo se livrar do apache e usar nginx + FastCGI.
1c) Não importa muito, no entanto, suponho que este seja o primeiro servidor em cadeia, já que é mais prático.
2) Sim. Velocidade (com qualquer tipo de cliente), operações de arquivos estáticos, armazenamento em cache, menor consumo de memória. Aposto que você verá a diferença sem nenhuma ferramenta de benchmarking.
3) Eu diria que não vejo necessidade de usar o CloudFlare CDN. Se você realmente precisasse disso - você já se livraria do apache. Já que você não fez isso, significa que a carga está baixa em seus servidores da web. Mas se você insistir em responder a pergunta - eu duvido. Eu duvido que exista realmente a necessidade de fazer algo se você está feliz com as coisas que estão agora. Eu digo isso sem qualquer sarcasmo.