É porque a verificação tenta se conectar ao IPv6 com metade do tempo limite especificado por '-t' e, em seguida, volta para o IPv4. Assim, você pode diminuir o tempo limite para 10 segundos e receber uma resposta em 5 segundos:
[root@server ~]# time /usr/lib64/nagios/plugins/check_ntp_time -q -H time1.google.com -w 1 -c 2 -t 10
NTP OK: Offset 0.0004314184189 secs|offset=0.000431s;1.000000;2.000000;
real 0m5.767s
user 0m0.843s
sys 0m4.908s
Ou você pode usar o IPv4 somente por '-4', então você receberá uma resposta em < 1 seg:
[root@server ~]# time /usr/lib64/nagios/plugins/check_ntp_time -q -H time1.google.com -4 -w 1 -c 2 -t 10
NTP OK: Offset 0.0006598234177 secs|offset=0.000660s;1.000000;2.000000;
real 0m0.401s
user 0m0.003s
sys 0m0.007s