Se você não estiver gerenciando atualizações de forma centralizada através do WSUS ou do SCCM / WSUS, você estará limitado naquilo que você pode fazer. Gostaria de descobrir por que as atualizações estão quebrando sua instalação no escritório, desabilitar as atualizações deixa você em um estado precário.
O cliente Skype for Business faz parte do pacote O365. Meu palpite é que você pode ter de alguma forma implantado dois tipos de instalação diferentes. Seu Office Pro Plus (word, excel, etc) parece estar usando a implantação click-to-run do O365, mas seu cliente Lync é uma instalação tradicional baseada em MSI. A Microsoft não oferece suporte a esses recursos juntos, eles devem ser todos de clique para executar ou o instalador MSI não é uma combinação. Se você conseguir todos eles no mesmo tipo de instalador, acho que você não encontrará mais o problema com atualizações.
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O Office Pro Plus geralmente inclui o Lync (skype for business) no download já. Se isso não acontecer, você deve ter a opção de baixá-lo separado da página de software do Office 365 (mesma página da qual você saiu do escritório). Se você precisar do Office como MSI, baixe a versão de avaliação e faça o login com uma conta válida do O365. A Microsoft tornou a versão MSI quase impossível de obter neste momento.