Não houve tempo para seguir o que magicandre1981 sugeriu, mas conseguiu confirmar que o patch resolveu a questão. Talvez isso seja útil para outras pessoas que tenham um problema de vazamento de memória semelhante.
Outra coisa que notamos: executar uma atualização completa do Windows parece incluir essa correção, mas em algum outro patch. Depois de executarmos uma atualização completa do Windows em outro servidor com esse problema (em vez de aplicar o patch específico), o patch não seria instalado lançando uma espécie de erro "esse patch não se aplica a essa plataforma". Acontece que esse problema foi resolvido em alguma outra atualização.
Então, acho que aplicar o patch ou garantir que o servidor seja completamente atualizado resolverá o vazamento da FwpsAllocateCloneNetBufferlist()
da API.