É difícil dizer com base nas informações fornecidas, já que muitas coisas podem causar "lentidão". No entanto, você diz que verificou rede, processador e RAM, mas não diz que verificou seus discos / E / S.
Verifique seus discos e o disco rígido, especialmente coisas como se o seu array RAID tem um drive morto nele.
(Este é um pouco longo para um comentário.)