Eu tive o mesmo problema, esta exceção é muito enganosa. Você precisa alterar o ulimit na máquina linux para corrigir esse problema:
Você pode verificar os ulimits com:
ulimits -a
e altere o limite com:
ulimit -n 64000
E tente reiniciar o serviço com os novos limites.
Fonte: docs.MongoDB.org