GptTmpl.inf é onde as configurações de segurança são armazenadas, portanto, se esse arquivo não estiver presente, isso explicaria por que as configurações foram eliminadas. Difícil determinar quem ou o que fez isso, a menos que você tenha a auditoria ativada. Restaurar o GPO do backup usando o Console de Gerenciamento de Diretiva de Grupo é preferível ao recriá-lo.
Eu verificaria o produto antivírus para garantir que está excluindo essa pasta (a pasta real e o caminho da rede).
É possível que, se várias pessoas estiverem editando o mesmo GPO ao mesmo tempo, coisas ruins podem acontecer. Se houver um conflito, ele aparecerá na seguinte pasta oculta:
C: \ windows \ sysvol_dfsr \ domínio \ dfsrprivate \ conflictanddeleted \
ou
C: \ windows \ sysvol \ domínio \ dfsrprivate \ conflictanddeleted \
Use o seguinte para limpar a pasta de conflitos no SYSVOL: