Eu não acho que o seu problema esteja realmente relacionado ao timestamp do diretório.
Com tantos dados, o rsync simplesmente precisará de algum tempo para descobrir os arquivos alterados e começar a transferi-los. Se, entretanto, descobrir um diretório a / m / ctime change, ele irá replicar essa mudança no lado do receptor, mas isso deve ser quase instantâneo.