Pode haver razões melhores, mas é por isso que eu faria isso: A principal razão para mantê-los separados é a flexibilidade e o isolamento, para permitir a migração de um serviço, mas não do outro. Se você decidir que deseja um endereço IP diferente para SMTP ou deseja mover um dos serviços para um servidor diferente, pode ser mais fácil usar domínios diferentes e também reduzir os efeitos de alterações no outro serviço. Você também pode usar firewalls e balanceadores de carga separados para serviços separados e QoS com base em IP.